1991년 지방자치가 실시되면서 시민 참여와 자치 같은 사업을 하는 단체와 노동, 문화, 여성 등 다양한 부문 단체들이 생겨나면서 YMCA 활동이 다소 축소(?)된다.

1990년 초 여사협은 사회운동 성격의 단체들끼리 협의체이다. 노동자들의 노동조합 결성과 정치적인 민주화로 노동 운동과 청년 운동이 약해지면서 문민정부 들어서 경실련과 같은 시민단체가 전면에 등장한다.

여수에서도 시민운동을 해오던 YMCA와 여천시민협, 여수지역사회연구소가 주축이 되어 1997년 ‘3려통합을 위한 시민사회단체연대회의’를 조직하고, 통합 운동에 적극 나선다.

통합 이후에도 연대의 필요성을 느끼고, 1998년 ‘여수시민사회단체연대회의(연대회의, 집행위원장 한창진)’를 결성한다. 연대회의가 갖는 의미는 3려 통합의 위대한 시민정신을 계승하고 발전시키기 위해서 시민사회단체끼리 상호 보완적 활동을 하기로 한다.

여수YMCA는 청소년 육성과 사회 교육 활동, 여수YWCA는 여성 문화 활동, 전교조는 교육 운동, 환경운동연합은 환경 문제, 여수시민협은 시정과 의정 참여와 감시 활동, 여수사랑청년회는 청년운동, 새시대공단연합은 여수산단 종업원들의 문화 육성과 지역 사회 참여 운동, 참교육학부모회는 학부모 교육 운동, 함께하는 여성회는 여성의 사회 참여, 협력단체인 여수지역사회연구소는 여순사건과 향토문화 연구 활동, 뒤에 참여한 여산노련은 노동운동, 이와 같이 분야별로 전문 활동 영역을 정하여 고유 사업을 펼친다.

사안에 따라 연대가 필요한 경우에는 언제든지 연대해서 대응을 한다. 이와 같은 활동이 전국적으로 알려져 지역 연대의 모범적인 사례가 되었고, 시민사회가 활성화되어있다는 평가를 받는다.

연대회의가 지금까지 해온 주요 사업을 살펴보면 3려 통합 기념사업을 비롯하여 아름 21 조직, 시내버스 공동 배차제 실현, 시의회 의장단 선거 뇌물 사건 천막 농성, 낙천낙선 총선운동, 고교평준화, 대통령 탄핵 반대, 시티파크 골프장 반대, 한미 FTA반대 등이 있다. 지역의 크고 작은 현안 사업에 개별 단체로서 입장을 밝히기가 곤란하면 시민사회의 단일 의견을 제시한다.

각 가입 단체 대표를 중심으로 대표위원회, 실무 책임자로 구성된 집행위원회를 두고, 매월 정례회의를 한다. 상임대표가 따로 없고, 집행위원장과 사무국장은 단체별로 돌아가면서 1년씩 맡아 운영하고 있다.

현재 연대회의 참여 단체는 YMCA, YWCA, 여수시민협, 환경운동연합, 전교조초등·중등·사립지회, 여산노련, 여수사랑청년회가 참여하고 있다.