여수대학교의 통합 논의는 여수대가 수산전문 인력 양성으로 시작됐으나 1970년대 이후 관련 산업의 침체로 지원자가 뚜렷한 감소 추세에 있는 현실, 교육부가 강제사항으로 구조조정을 요구하는 상황에서 대학이 생존하기 위한 방안 모색 등 외부환경에 의해 시작됐다.

또한 통합문제는 이삼노 총장의 공약사항이기도 했다. 2004년 7월 발전 혁신 위원회를 구성해 첫 논의에 들어갔다. 이후 광주?전남권 연합대학 구축 논의, 순천대와 통합, 전남대와 통합 등이 전개됐다.

■ 순천대와 통합 = 먼저 여수대는 지난 2월 순천대와 구체적인 통합 논의에 들어갔다. 양 대학 교수 3명씩을 위원으로 하는 통합 기획단을 구성하고 2월 21일 제1차 회의를 가졌다. 이날 회의에서는 기본방향 정립, 통합추진 조직구성, 향후 일정 등에 대해 논의했다.

이어 24일 열린 제2차 회의에서는 기획단 명칭에 합의하고 기획단 역할 분담, 각 대학 공동대표를 선출했다.

이후 3월 한달간에 걸쳐 5차례의 회의를 갖고 통합학교명, 캠퍼스 재배치, 단과대학별 학과 재배치 등을 논의한 끝에 3월 28일 기본합의서(안)을 이끌어냈다.

기본합의서에 따르면 통합대학교 교명은 공모를 통해 결정하고 대학본부는 여수캠퍼스에 두기로 했다. 학사·행정 조직은 1개 대학본부, 7개 단과대학으로 구성하되 여수캠퍼스에 수산해양대학, 경상·국제·물류대학, 사범대학을 배치하고 순천캠퍼스에 인문사회과학대학, 자연과학대학, 공과대학, 농업생명과학대학 등 4개 단과대학을 설치키로 합의했다.

학생정원은 양 대학이 20%를 감축하기로 했다. 통합대학교 신입생 선발시기는 2006학년도부터로 못박았다. 이밖에 여수캠퍼스 단과대학에 교육부 통합지원금을 집중 지원하고 광양에 산학협력중심대학 육성키로 했다.

하지만 4월 28일 교수회의와 본부의 의결불일치, 진행과정상 문제점 등을 들어 합의서안을 폐기했다.
5월 12일에는 더 이상 기본 합의서를 작성하지 않기로 합의해 사실상 순천대와의 통합 논의가 단절됐다.

■ 전남대 통합 논의 = 순천대보다 늦게 논의를 시작해 빠른 합의를 이끌어 낸 전남대는 3월 7일 1차 통합기획단 회의를 갖고, 대표 선정, 통합대학명칭, 캠퍼스 특성화 방법 등에 대한 논의를 이끌어냈다.

14일 열린 2차 회의에서는 세부적인 특성화 방안과 의료기관 유치 등을 논의했고, 21일 3차 회의에서 통합시 재정지원 문제 등에 대한 논의를 가진 것으로 알려졌다. 이후 28일 기본합의서(안)에 합의서명하고 지난 4월 4일 열린 5차 회의에서 기본합의서(안)을 수정 완료했다.

양대학이 합의한 기본합의서(안)에 따르면 통합대학교 교명은 전남대학교로 하고 대학본부는 광주캠퍼스에 두기로 합의했다.

여수캠퍼스 특성화 방안으로 기존 특성을 살려 광주와 차별분야로 학과 및 대학을 재구성하고, 부속종합병원 등 의료기관과 한방병원을 포함한 한의대를 유치키로 합의했다.

또한 교수 배정 등 통합관련 행·재정 지원을 여수캠퍼스 특성화에 우선 지원키로 했다.

이런 상황에서 여수대는 더 이상 기다릴 경우 교육부가 제시한 6월말 시한까지 참여하지 못할 것을 우려해 전체 교수회의를 열어 결정키로 하고 16일 회의를 공지했다.

18일에는 교수회의를 열어 새로운 기본 합의서를 기다려 순천대와 전남대 중 한 곳을 선택할 것인가와 이미 나와 있는 전남대 안을 선택할 것인가에 대한 찬반 투표를 실시했다.

투표결과에 대해서는 만장일치 결과로 채택키로 해 찬성의견을 이끌어냈다. 이어서 19일에는 긴급 직원회를 개최해 교수회의 결과에 대해 86% 찬성으로 의견을 모았다.

여수대는 전남대와의 통합안에 대해 학생여론 수렴, 지역사회, 동문회 등의 여론수렴을 거쳐 최종 결정한 뒤 전남대와 협의를 통해 구체적인 추진 계획서를 6월말까지 교육부에 제출할 방침인 것으로 알려졌다.